未來我國醫藥運輸行業有兩個顯著的趨勢：一是運輸整合上升到企業戰略管理高度；二是運輸服務與主營業務分開，實行專業化管理。
(1) 運輸整合上升到企業戰略管理高度
現代醫藥運輸運作方式將從傳統的批發模式向供應鏈管理模式發展，以物流中心為平臺，與制造商及其他供應商（上游企業）和藥品零售商及其他分銷商（下游企業）建立一種面向市場的供應系統，提高藥品分銷效率，并形成相對穩定的產銷聯盟網絡。在這一轉變過程中，物流管理在很多企業中已經從作業管理的層面上升到了企業戰略管理高度，被當作發展戰略的重要內容予以重視。形成這一趨勢的原因有兩個：第一是醫藥行業重組、整合的過程中，企業規模不斷擴大，而物流網絡是保障企業業務資源能夠有效整合，形成規模優勢的根本；第二是醫藥行業進入“微利時代”后，通過強化物流管理實現減本增效，以期在激烈的競爭中實現自身的成本優勢。
(2) 運輸服務與主營業務分開，實行專業化管理
目前國內醫藥運輸利潤率僅為0.6%－ 0.7%；費用率仍高達10%左右，就其原因就是因為傳統的物流模式運營成本太高，所以國內許多大型醫藥企業，例如上海國藥、上海醫藥、南京醫藥等，都把原有的物流業務、資產人員剝離或托管給第三方物流公司，并與第三方物流公司實行獨立結算、相互考核。形成這一趨勢的主要原因有兩個：第一，第三方物流公司的專業化運作可以有效地提高物流服務水平、降低物流成本，為母體創造可觀的經濟效益；第二，第三方物流公司在為母體提供物流服務的同時還可以利用剩余資源為社會上其它企業提供相似產品的物流服務。這對于初期投資巨大的醫藥物流項目而言，可以大大提高項目的投資回報率，實現集約化經營。可以預見到的是：在醫藥物流越來越受到重視的將來，我們將會看到越來越多這樣主輔分離、專業化運營的管理模式。
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